CrossRef enabled

PAC Archives

Archive →

Pure Appl. Chem., 2008, Vol. 80, No. 6, pp. 1195-1210

doi:10.1351/pac200880061195

Capabilities of chemical simulation methods in the elucidation of structure and dynamics of solutions

Thomas S. Hofer, Andreas B. Pribil and Bernhard R. Randolf

Theoretical Chemistry Division, Institute of General, Inorganic and Theoretical Chemistry, University of Innsbruck, Innrain 52a, A-6020 Innsbruck, Austria

References

  • 1. H. Ohtaki, T. Radnai. Chem. Rev. 93, 1157 (1993). (doi:10.1021/cr00019a014)
  • 2. G. W. Neilson, J. E. Enderby. The Coordination of Metal Aquaions, Vol. 34, pp. 195-218, Academic Press, Orlando (1989).
  • 3. L. Helm, A. E. Merbach. Chem. Rev. 105, 1923 (2005). (doi:10.1021/cr030726o)
  • 4. M. P. Allen, D. J. Tildesley. Computer Simulation of Liquids, Oxford Science Publications, Oxford (1990).
  • 5. McQuarrie. Statistical Mechanics, Harper & Row, New York (1976).
  • 6. R. P. H. Gasser, W. G. Richards. An Introduction to Statistical Thermodynamics, World Scientific, Singapore (1995).
  • 7. A. J. Stone. The Theory of Intermolecular Forces, Oxford University Press, Oxford (1995).
  • 8. A. R. Leach. Molecular Modelling, 2nd ed., Prentice-Hall, Essex (2001).
  • 9. F. Jensen. Introduction to Computational Chemistry, John Wiley, Chichester (1999).
  • 10. C. J. Cramer. Essentials of Computational Chemistry, John Wiley, West Sussex (2002).
  • 11. H. Ohtaki. Chem. Monthly 132, 1237 (2001).
  • 12. G. W. Neilson, A. K. Adya. Ann. Rep. Chem., Sect. C 93, 101 (1996).
  • 13. G. W. Neilson, P. E. Mason, S. Ramos, D. Sullivan. Philos. Trans. R. Soc. London, Ser. A 359, 1575 (2001).
  • 14. L. Helm, A. E. Merbach. Coord. Chem. Rev. 187, 151 (1999). (doi:10.1016/S0010-8545(99)90232-1)
  • 15. A. J. Lock, S. Woutersen, H. J. Bakker. Femtochemistry and Femtobiology, World Scientific, Singapore (2001).
  • 16. P. Wernet, D. Nordlund, U. Bergmann, M. Cavalleri, M. Odelius, H. Ogasawara, L. A. Naslund, T. K. Hirsch, L. Ojamae, P. Glatzel, L. G. M. Pettersson, A. Nilsson. Science 304, 955 (2004). (doi:10.1126/science.1096205)
  • 17. J. B. R. Bucher, J. Stauber. Chem. Phys. Lett. 306, 57 (1999). (doi:10.1016/S0009-2614(99)00455-8)
  • 18. D. Frenkel, B. Smit. Understanding Molecular Simulation, Academic Press, San Diego (2002).
  • 19. R. J. Sadus. Molecular Simulation of Fluids, Elsevier Science, Amsterdam (1999).
  • 20. C. J. Cramer, D. G. Truhlar. Chem. Rev. 99, 2161(1999). (doi:10.1021/cr960149m)
  • 21. F. P. Rotzinger. Chem. Rev. 105, 2003 (2005). (doi:10.1021/cr030715v)
  • 22. N. Metropolis, A. W. Rosenbluth, M. N. Rosenbluth, A. H. Teller, E. Teller. J. Chem. Phys. 21, 1087 (1953). (doi:10.1063/1.1699114)
  • 23. D. A. Pearlman, D. A. Case, J. W. Caldwell, W. Ross, T. Cheatham, S. DeBolt, D. Ferguson, G. Seibel, P. Kollman. Comp. Phys. Commun. 91, 1 (1995). (doi:10.1016/0010-4655(95)00041-D)
  • 24. A. D. MacKerell, B. Brooks, C. L. Brooks (III), L. Nilsson, B. Roux, Y. Won, M. Karplus. "CHARMM: The Energy Function and Its Parameterization with an Overview of the Program", in The Encyclopedia of Computational Chemistry, John Wiley, Chichester (1998).
  • 25. B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, M. Karplus. J. Comp. Chem. 4, 187 (1983). (doi:10.1002/jcc.540040211)
  • 26. E. Schrodinger. Ann. Phys. 79, 361 (1926). (doi:10.1002/andp.19263840404)
  • 27. M. Nooijen. Phys. Rev. Lett. 84, 2108 (2000). (doi:10.1103/PhysRevLett.84.2108)
  • 28. H. Nakatsuji. J. Chem. Phys. 113, 2949 (2000). (doi:10.1063/1.1287275)
  • 29. L. Thogersen, J. Olsen, D. Yeager, P. Jorgensen, P. Salek, T. Helgaker. J. Chem. Phys. 121, 16 (2004). (doi:10.1063/1.1755673)
  • 30. R. Car, M. Parinello. Phys. Rev. Lett. 55, 2471 (1985). (doi:10.1103/PhysRevLett.55.2471)
  • 31. J. P. Perdew, K. Burke, M. Ernzerhof. Phys. Rev. Lett. 77, 3865 (1996). (doi:10.1103/PhysRevLett.77.3865)
  • 32. J. P. Perdew, K. Burke, M. Ernzerhof. Phys. Rev. Lett. 78, 1396 (1997). (doi:10.1103/PhysRevLett.78.1396)
  • 33. A. D. Becke. Phys. Rev. A 38, 3098 (1988). (doi:10.1103/PhysRevA.38.3098)
  • 34. A. Pasquarello, I. Petri, P. S. Salmon, O. Parisel, R. Car, E. Toth, D. H. Powell, H. E. Fischer, L. Helm, A. Merbach. Science 291, 856 (2001). (doi:10.1126/science.291.5505.856)
  • 35. I. Bako, J. Hutter, G. Palinkas. J. Chem. Phys. 117, 9838 (2002). (doi:10.1063/1.1517039)
  • 36. W. Kutzelnigg. Density Functional Theory (DFT) and ab initio Quantum Chemistry (AIQC): Story of a Difficult Partnership, G. Maroulis, T. Simos (Eds.), p. 23, International Science Publishers (VSP), Leiden (2006).
  • 37. D. J. Harris, J. P. Brodholt, D. M. Sherman. J. Phys. Chem. B 107, 9056 (2003). (doi:10.1021/jp027772x)
  • 38. R. J. Bartlett, I. V. Schweigert, V. F. Lotrich. J. Mol. Struct. (Theochem) 764, 33 (2006). (doi:10.1016/j.theochem.2005.12.017)
  • 39. R. J. Bartlett, V. F. Lotrich, I. V. Schweigert. J. Chem. Phys. 123, 062205 (2005). (doi:10.1063/1.1904585)
  • 40. A. D. Becke. J. Chem. Phys. 98, 5648 (1993). (doi:10.1063/1.464913)
  • 41. H. M. Senn, W. Thiel. Curr. Opin. Chem. Biol. 11, 182 (2007). (doi:10.1016/j.cbpa.2007.01.684)
  • 42. H. Lin, D. G. Truhlar. Theor. Chem. Acc. 117, 185 (2007). (doi:10.1007/s00214-006-0143-z)
  • 43. A. Warshel, M. Levitt. J. Mol. Biol. 103, 227 (1976). (doi:10.1016/0022-2836(76)90311-9)
  • 44. M. J. Field, P. A. Bash, M. Karplus. J. Comput. Chem. 11, 700 (1990). (doi:10.1002/jcc.540110605)
  • 45. J. Gao. J. Am. Chem. Soc. 115, 2930 (1993). (doi:10.1021/ja00060a047)
  • 46. D. Bakowies, W. Thiel. J. Phys. Chem. 100, 10580 (1996). (doi:10.1021/jp9536514)
  • 47. D. Xenides, B. R. Randolf, B. M. Rode. J. Chem. Phys. 122, 4506 (2005). (doi:10.1063/1.1888465)
  • 48. D. Xenides, B. R. Randolf, B. M. Rode. J. Mol. Liq. 123, 61 (2006). (doi:10.1016/j.molliq.2005.06.002)
  • 49. C. F. Schwenk, A. Tongraar, B. M. Rode. J. Mol. Liq. 110, 105 (2004). (doi:10.1016/j.molliq.2003.09.016)
  • 50. B. M. Rode, C. F. Schwenk, T. S. Hofer, B. R. Randolf. Coord. Chem. Rev. 249, 2993 (2005). (doi:10.1016/j.ccr.2005.03.032)
  • 51. C. F. Schwenk, B. M. Rode. J. Am. Chem. Soc. 126, 12786 (2004). (doi:10.1021/ja046784o)
  • 52. B. M. Rode, T. S. Hofer, B. R. Randolf, C. F. Schwenk, D. Xenides, V. Vchirawongkwin. Theor. Chem. Acc. 115, 77 (2006). (doi:10.1007/s00214-005-0049-1)
  • 53. A. Laio, J. VandeVondele, U. Rothlisberger. J. Chem. Phys. 116, 6941 (2002). (doi:10.1063/1.1462041)
  • 54. E. Voloshina, N. Gaston, B. Paulus. J. Chem. Phys. 126, 134115 (2007). (doi:10.1063/1.2715555)
  • 55. C. F. Schwenk, T. S. Hofer, B. M. Rode. J. Phys. Chem. A 108, 1509 (2004). (doi:10.1021/jp037179v)
  • 56. P. R. Smirnov, V. N. Trostin. Russ. J. Phys. Chem. 69, 1097 (1995).
  • 57. T. S. Hofer, H. T. Tran, C. F. Schwenk, B. M. Rode. J. Comput. Chem. 25, 211 (2004). (doi:10.1002/jcc.10374)
  • 58. A. Tongraar, B. M. Rode. Chem. Phys. Lett. 409, 304 (2005). (doi:10.1016/j.cplett.2005.04.062)
  • 59. C. F. Schwenk, H. H. Loeffler, B. M. Rode. Chem. Phys. Lett. 349, 99 (2001). (doi:10.1016/S0009-2614(01)01188-5)
  • 60. T. S. Hofer, B. R. Randolf, B. M. Rode. J. Phys. Chem. B 110, 20409 (2006). (doi:10.1021/jp0638033)
  • 61. T. S. Hofer, B. M. Rode, B. R. Randolf. Chem. Phys. 312, 81 (2005). (doi:10.1016/j.chemphys.2004.11.023)
  • 62. R. Armunanto, C. F. Schwenk, B. M. Rode. J. Phys. Chem. A 107, 3132 (2003). (doi:10.1021/jp027769d)
  • 63. R. Armunanto, C. F. Schwenk, H. T. Tran, B. M. Rode. J. Am. Chem. Soc. 126, 2582 (2004). (doi:10.1021/ja037340f)
  • 64. C. Kritayakornupong, K. Plankensteiner, B. M. Rode. Chem. Phys. Lett. 371, 438 (2003). (doi:10.1016/S0009-2614(03)00301-4)
  • 65. T. S. Hofer, A. B. Pribil, B. R. Randolf, B. M. Rode. J. Am. Chem. Soc. 127, 14231 (2005). (doi:10.1021/ja052700f)
  • 66. M. Q. Fatmi, T. S. Hofer, B. R. Randolf, B. M. Rode. J. Chem. Phys. 123, 4514 (2005). (doi:10.1063/1.1996575)
  • 67. T. S. Hofer, B. M. Rode. J. Chem. Phys. 121, 6406 (2004). (doi:10.1063/1.1785781)
  • 68. C. F. Schwenk, B. M. Rode. ChemPhysChem 4, 931 (2003). (doi:10.1002/cphc.200300659)
  • 69. C. F. Schwenk, B. M. Rode. J. Chem. Phys. 119, 9523 (2003). (doi:10.1063/1.1614224)
  • 70. I. Persson, P. Persson, M. Sandstrom, A.-S. Ullstrom. J. Chem. Soc., Dalton Trans. 7, 1256 (2002). (doi:10.1039/b200698g)
  • 71. C. Kritayakornupong, K. Plankensteiner, B. M. Rode. ChemPhysChem 5, 1499 (2004). (doi:10.1002/cphc.200400019)
  • 72. C. F. Schwenk, T. S. Hofer, B. R. Randolf, B. M. Rode. Phys. Chem. Chem. Phys. 7, 1669 (2005). (doi:10.1039/b419072f)
  • 73. M. Q. Fatmi, T. S. Hofer, B. R. Randolf, B. M. Rode. Phys. Chem. Chem. Phys. 8, 1675 (2006). (doi:10.1039/b518223a)
  • 74. M. Q. Fatmi, T. S. Hofer, B. R. Randolf, B. M. Rode. J. Phys. Chem. B 111, 151 (2007). (doi:10.1021/jp0654213)
  • 75. D. H. Powell, L. Helm, A. E. Merbach. J. Chem. Phys. 95, 9258 (1991). (doi:10.1063/1.461206)
  • 76. P. S. Salmon, M. C. Bellissent-Funel, G. J. Herdman. J. Phys. Condens. Matter 2, 4297 (1990). (doi:10.1088/0953-8984/2/18/027)
  • 77. A. Tongraar, K. Sagarik, B. M. Rode. Phys. Chem. Chem. Phys. 4, 628 (2002). (doi:10.1039/b107786d)
  • 78. R. Armunanto, C. F. Schwenk, B. R. Randolf, B. M. Rode. Chem. Phys. Lett. 388, 395 (2004). (doi:10.1016/j.cplett.2004.03.035)
  • 79. R. Armunanto, C. F. Schwenk, B. M. Rode. J. Am. Chem. Soc. 126, 9934 (2004). (doi:10.1021/ja031740l)
  • 80. T. S. Hofer, B. R. Randolf, S. A. A. Shah, B. M. Rode, I. Persson. Chem. Phys. Lett. 445, 193 (2007). (doi:10.1016/j.cplett.2007.08.009)
  • 81. J. Purans, B. Fourest, C. Cannes, V. Sladkov, F. David, L. Venault, M. Lecomte. J. Phys. Chem. B 109, 11074 (2005). (doi:10.1021/jp045489n)
  • 82. J. M. Martinez, F. Torrico, R. R. Pappalardo, E. S. Marcos. J. Phys. Chem. A 108, 15851 (2004).
  • 83. J. Rosdahl, I. Persson, L. Kloo, K. Stahl. Inorg. Chem. A 357, 2624 (2004). (doi:10.1016/j.ica.2004.03.010)
  • 84. M. Yizhak. Ion Properties, Marcel Dekker, New York (1997).
  • 85. R. S. Mulliken. J. Chem. Phys. 23, 1833 (1955). (doi:10.1063/1.1740588)
  • 86. P. Mason, J. Cruickshank, G. Neilson, P. Buchanan. Phys. Chem. Chem. Phys. 5, 4690 (2003).
  • 87. G. W. Neilson, D. Schiooberg, W. Luck. Chem. Phys. Lett. 122, 475 (1985). (doi:10.1016/0009-2614(85)87249-3)
  • 88. G. Johansson, H. Wakita. Inorg. Chem. 24, 3047 (1985). (doi:10.1021/ic00213a035)
  • 89. V. Vchirawongkwin, I. Persson, B. M. Rode. J. Phys. Chem. B 111, 4150 (2007). (doi:10.1021/jp0702402)
  • 90. V. Vchirawongkwin, B. M. Rode. J. Phys. Chem. 10, 1016 (2007).